Tak jak u wszystkich gatunków zwierząt, jego zadaniem jest oczyszczanie organizmu ze szkodliwych produktów przemiany materii.
Podstawową rolę pełnią nerki, położone są w górnej części jamy brzusznej. Prawa nerka jest kształtu sercowatego i leży pod ostatnim żebrem, lewa ma kształt fasolowaty i leży za ostatnim żebrem. Każda z nich waży ok. 700 g. Mają tak dobre położenie, że nie są zbytnio narażone na zimno ani ucisk siodła. Lecz nie zapominajmy o zakładaniu derki na rozgrzanego, spoconego, lub stojącego w przeciągu konia. Zapobiegnie ona przeziębieniu, i wychłodzeniu grzbietu i zadu. Jeżeli koń ma jedna dobrze funkcjonującą nerkę, może normalnie żyć. Jak będzie miał uszkodzone 23 powierzchni obu nerek, wtedy oznacza to niewydolność i może dojść do zakażenia organizmu moczem, nazywa się to mocznicą.
Konia rzadko chorują na nerki. Jeżeli jednak się to zdarzy, zwykle jest to oznaką zapalenia kłębuszków nerkowych, dochodzi do tego w wyniku stanu zapalnego innych narządów. Czerwono- lub czarnobrazowe zabarwienie moczu jest sygnałem, że potrzebna jest natychmiastowa pomoc lekarza. Jasnoczerwone zabarwienie może być oznaką krwawienia w narządach moczowych, powodem może być podrażnienie błony śluzowej przez kamienie nerkowe. Głęboko umieszczone kamienie w pęcherzu moczowym są ciężkie do zlokalizowania, czasem mogą osiągnąć wielkość jabłka. Dopiero jak pojawi się krew w moczu może to sygnalizować ich obecność. U wałachów i ogierów dostanie się kamienia do cewki moczowej powoduje jej zaczopowanie i nawet niemożność oddawania moczu. Kamienie mogą nawet rozerwać pęcherz, usuwa się je operacyjnie, a piasek można wypłukać za pomocą specjalnego cewnika. U klaczy udaje się czasem wyciągnąć kamień bez zabiegu chirurgicznego, dzięki elastycznej cewce moczowej. Zaburzenia w usuwaniu zbędnych produktów przemiany materii może być wywołane przez wirus z grupy Herpes.
J.K